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Geoquery下载的文件存储

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解读GEO数据存放规律及下载，一文就够- 云+社区- 腾讯云

先说第一种，可以直接点击http下载到tar打包的数据, 然后解压缩得到所有的CEL文件 setwd("F:/Project/GEO_project/") library(affy) affy.data <- ReadAffy() length(affy.data) # 13 eset.rma <- rma(affy.data) exprSet <- exprs(eset.rma) write.table(exprSet, "expr_rma_matrix.txt", quote=F, sep="\t") 通常我都是教大家使用下面的代码下载任意geo数据库的数据集： options(stringsAsFactors = F) # 注意查看下载文件的大小，检查数据 f='GSE76275_eSet.Rdata' library(GEOquery) # 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。 参数介绍完了，开始下载我们的数据 options(stringsAsFactors = F) library(GEOquery) gset1 <- getGEO(GEO = "GSE152509", AnnotGPL=TRUE , destdir = ".") 下载后，数据会存储到指定文件路径,同时解析并赋值给gset1. 我们得到的数据是一个list。 > class(gset1) [1] "list" GEOquery 是 NCBI 存储标准化的转录组数据的基因表达综合数据库 GEO 的接口程序。 2、下载芯片数据. 教程中我们使用 Dr Andrew Browning 发表的数据集 GSE20986。HUVECs（人脐静脉内皮细胞）是从人胎儿脐带血中提取出来的，通常用来研究内皮细胞的病理生理机制。 首先，我们从 GEO 数据库下载原始数据，导入 GEOquery 包，用它下载原始数据，下载的原始数据约 53MB。 > library(GEOquery) > getGEOSuppFiles("GSE20986") 下载完成后，打开文件管理器，在启动 R 程序的文件夹里可以看到当前文件夹下生成了一个 GSE20986 文件夹，可以直接查看文件夹里的内容： $ ls GSE20986/ filelist.txt GSE20986_RAW.tar 可以使用 GEOquery包getGEOSuppFiles函数的下载直接下载甲基化芯片的idat原始文件，然后自己minfi包的read.metharray.exp函数处理它们。 但是，强烈建议 不要使用GEOquery包getGEOSuppFiles函数 ，下面的代码没太大意思。 关于数据的下载，我们这里主要介绍三种不同的方法。 方法一：下载芯片的原始数据. 在检索页面中，一路下拉；在Supplementary file中点击Download中的custom，展开原始数据对应列表；点击“Select all“，然后点击Download，即可将所有样本的原始数据RAW Data文件下载；

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主要是因为 GEOquery的getGEO函数下载甲基化信号值矩阵，在中国大陆基本上是失败的，网速太难了。 ### step2 : 甲基化信号值矩阵质量检测 我们的代码：[ step2-check-betaM.R ](./step2-check-betaM.R) 很齐全啦，有生信技能树独创的3张图，如下： 爱问共享资料常用的生物信息学软件的介绍和文献依据文档免费下载，数万用户每天上传大量最新资料，数量累计超一个亿,名称简介参考文献备注ALINE一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器19390156AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包16824223AmiGO访问本体论和注释数据 一个命名的文件而且当一个序列被确定为一个更大的序列的一部分时，列出的与序列名相关的指明文件就会被合并。 Cluster.split 这个命令用来分配序列到OTUs并输出一个.list, .rabund, .sabund文件.它把大的距离矩阵拆分为小的部分。 将FASTQ文件对应到基因组里生成BAM文件，`bowtie`常用来映射 DNA测序而`tophat`来映射RNA测序，因为全局比对就不用`BLAST`这种比较局部的算法了 在Bioconductor中，存储与序列相关的对象为`IRanges`与`Grange`。 # 从GEO上下载某个实验编号为GSE34313的实验数据，该网站也 介绍. 芯片数据分析流程有些复杂，但使用 R 和 Bioconductor 包进行分析就简单多了。本教程将一步一步的展示如何安装 R 和 Bioconductor，通过 GEO 数据库下载芯片数据， 对数据进行标准化，然后对数据进行质控检查，最后查找差异表达的基因。 教程示例安装的各种依赖包和运行命令均是是在 Ubuntu 环境 爱问共享资料生物信息学软件介绍文档免费下载，数万用户每天上传大量最新资料，数量累计超一个亿,名称简介参考文献备注ALINE一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器19390156AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包16824223AmiGO访问本体论和注释数据19033274AnnotationSketch基因组注释 这里将告诉您SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型,教程操作方法: 在2019/08/07的Nature刊中，中科院景乃禾课题组发表了文章——Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo ，我在这篇文章中发现了一个被汤神组 （就是Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）- 实验

RStudio里面package存放路径更改及GEOquery包下载和 - dtcms插件

GEO是最具知名度的基因表达数据存储数据库，这些数据包括单通道和双通道的微阵列 下载安装 GEOquery 后，在R环境加载包后就可以使用它的函数了。 文章目录spring boot搭建fastDfs 1、上传文件方式一2、 上传文件方式二spring boot  Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载， 这个是最常用的功能，下载芯片的表达矩阵文件，数据已经经过研究者的预 

Geoquery下载的文件存储

GESXXX_RAW.tar是用于分析的数据吗？_答魔科研

Geoquery下载的文件存储

安装 Bioconductor 需要一段时间，GEOquery 包也需要安装，GEOquery 是 NCBI 存储标准化的转录组数据的基因表达综合数据库 GEO 的接口程序。 下载芯片数据 本教程中我们使用 Dr Andrew Browning 发表的数据集 GSE20986。 甲基化信号矩阵文件非常大，如果全部的tcga的1万多个样本，文件是34G, 通常大家没必要做pan-cancer研究啦，但是下载其中一个癌症也是不小，几个G的文件，读取到R里面到没有问题。大家可能更关心的是这个甲基化信号矩阵如何被minfi或者champ读取成为对象。

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最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。

35 / 42 DNA微阵列（基因芯片） 其他 用到的文件格式：.EXP ：包含实验的基本信息，.DAT ：芯片的扫描图 像，.CEL： 特征的初始量化（每个探针的荧光强度），.CDF ：探针在芯片中的 定位信息，探针到探针组的映射，.CHP ：包含基因表达水平（用affy软件评估） 探针 基于Wilddog的地理位置范围查询 WildGeo for JavaScript — Wilddog 实现实时位置查询 开源js库 WildGeo 可以基于地理坐标位置存储和查询一组key值，它的核心是，只存储位置坐标的key值。这最大的好处是能够实时地在给定的地理区域内查询符合条件的key值。 芯片的探针ID找到基因名-基于R语言-一文就够 使用bioconductor注释包如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包，只有约90个常用的芯片有！比如：library(hgu133a.db)ids=toTable(hgu133aSYMBOL)head(ids)##或者platformDB='hugene10sttranscriptcluster.db'library(platformDB,character.only=TRUE) 创建app，heroku create xxx（xxx为app的名字） 将app下载到本地，heroku git:clone --app xxx; 将huginn源代码全部下载拷贝到本地app的文件夹内; 进入app文件目录，依次执行命令，cp .env.example .env和bundle; 提交代码变更，git add .和git commit -am 'commit code' 您会注意到用于存储下载的文件名被输出到屏幕上（但没有保存到任何地方），以便以后调用 getGEO(filename=) 时使用。 # 更常用的方式是直接传入 GSM 号，从数据库中下载： # gds <- getGEO("GSM11805") gsm <- getGEO(filename=system.file("extdata/GSM11805.txt.gz",package="GEOquery")) 您会注意到用于存储下载的文件名已输出到屏幕（但不保存在任何地方），以便以后用于调用getGEO(filename=)。 我们可以对任何其他GEO加入进行相同的操作，例如GSM11805GEO样本。 我们可以看到package的存放目录更改为自己创建的文件目录了。 二、GEOquery包的下载. 1.在install package里面直接输入GEOquery不能下载成功，会出现这样问题。 2.去查找百度，一个类似问题，别人是安装impute包失败，报错：package ‘impute’ is not available (for R version 3.6.1)。

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